Eu não acho que a última parte do seu comando ( open -a Terminal cd /Applications/sites/mysite
) funciona, pois o argumento não é passado para ser executado como um comando, veja uma pergunta semelhante aqui .
Uma solução é usar o AppleScript para a última parte:
osascript -e 'tell application "Terminal" to do script "cd /Applications/sites/mysite"'
Para incluir isso em sua definição de alias, verifique se todas as aspas duplas / únicas correspondem e saem quando necessário:
alias mysite='cd /Applications/sites/mysite; pwd; php artisan serve --port=9000 | open http://localhost:9000 | open -a Finder ./ | osascript -e "tell application \"Terminal\" to do script \"cd /Applications/sites/mysite\""'
Isso funciona para você?