Um carregador de inicialização (por exemplo, o GNU Grub) pode manipular vários sistemas operacionais. Diferentes sistemas operacionais podem lidar com a instalação de maneira diferente. Se você instalar o windows após o linux, geralmente o windows irá sobrescrever o seu gerenciador de boot linux, então é melhor instalar o windows primeiro do que os tipos de linux que você deseja.
Sobre a atual partição de inicialização, essa questão pode ser relevante