Estou no Windows 8 e consigo abrir várias sessões do RStudio. Provavelmente, depende da versão do Windows que você está usando. A pesquisa do Google em "várias sessões do rstudio" mostra que geralmente é possível. Então, provavelmente, mais detalhes seriam necessários para responder à sua pergunta.
Você pode tentar instalar o RStudio em duas pastas diferentes e executar cada uma delas separadamente.