Eu fiz backup de todos os dados na unidade externa, formatei as outras duas partições para FAT32. Ainda não inicializou. Eu apaguei todas as três partições, criei uma nova partição (fazendo isso clicando em - / + no Utilitário de Disco) para que a unidade tivesse apenas uma partição FAT32. Ainda não inicializou. Eu descobri que eu tinha que formatar a unidade inteira (a unidade principal no Disk Utility, não as partições montadas), agora é capaz de inicializar. Então, eu acho que a razão é porque meu disco rígido externo foi originalmente formatado como Mac OS Extended no meu Mac.
Seria interessante se alguém encontrasse outro caminho sem formatar o disco inteiro!