A mesma coisa aconteceu comigo. Eu procurei em /etc/X11 e acredito que meu arquivo xorg.conf foi renomeado para xorg.conf.MMDDYYYY , em que MMDDAAAA foi definido como a data de hoje (o dia em que fiz a atualização).
Copiei esse arquivo xorg.conf.MMDDYYY para /etc/X11/xorg.conf , reiniciei e meu segundo monitor voltou à vida. Talvez você não tenha um tempo tão fácil, mas isso funcionou para mim.