Se todos eles forem um tipo de arquivo ou apenas alguns tipos, você poderá fazer uma pesquisa de tipo de extensão * .file na pasta principal e procurar todas as subpastas por padrão. Por exemplo, * .pdf encontraria todos os arquivos pdf nas subpastas principal e todas as subpastas, copia-as todas para a nova pasta n deletaria as antigas quando houver segurança na nova pasta.