Suponho que você queira criar para Pic001.png
o arquivo novo convertido Pic001.atf
com o mesmo basename , mas extensão diferente.
Tente algo como
for %%f in (*.png) do (
png2atf -c d -r -q 0 -f 0 -i "%%~nf.png" -o "%%~nf.atf"
)
Preencha sozinho adicionando o nome dos diretórios de origem e destino.
Você pode selecionar todos os arquivos e não apenas os png que estão alterando (*.png)
em (*.*)
.