A criptografia de hardware (HE) é algo realmente separado da criptografia de software (SE); em geral, a HE deve parecer mais eficiente, mas não em todos os casos. Se você tivesse um SSD com HE embutido, o desempenho da unidade criptografada não deveria diferir em qual plataforma o teste seria realizado - em teoria. Quando se trata de SE, a função principal desempenha sua CPU (ou seja, relógio, suporte a AES, número de núcleos se o software de criptografia oferecer suporte a multithreading).
Você deve ter notado que os processadores mais modernos suportam AES e, nesse caso, não haverá diferença no desempenho entre a unidade criptografada ou não criptografada quando esse algoritmo for escolhido. O que será no caso de escolher Serpente ou Twofish? Bem, nos meus testes no I7-2600 em TrueCrypt e DiskCryptor não há quedas significativas no desempenho (1-3% na cópia de arquivos). Esta CPU é muito poderosa, mesmo quando está em underclock para 1.6GHz ... Apenas quando eu configurei a combinação de AES-Twofish-Serpent, houve uma queda notável no desempenho.
No Ubuntu para criptografia de disco completo você deve escolher dm-crypt , não há nenhuma opção para TrueCrypt fazer isso neste momento (v. 7.1a), apenas partições, containers. No Windows, eu realmente uso o BitLocker para criptografia completa de disco sem problemas. A criptografia não afeta a durabilidade do SSD, porque todas as operações são realizadas na RAM.