Infelizmente, não havia nenhuma opção no meu leitor que pudesse corrigir esse problema. A única maneira que consegui resolver esse problema foi imprimir o PDF como PDF. Estranho, mas se livrou de quaisquer problemas que houvesse na codificação daquele arquivo. Consegui manter os marcadores ao imprimir (opção antes de imprimir), o que foi útil.