O binário do Windows é diferente do Linux e, portanto, é impossível ter um software malicioso do Windows que possa afetar o Linux.
Para resolver o seu problema, você pode proteger a exclusão (o que provavelmente é a limpeza) do seu pendrive.
Instale o pacote
sudo apt-get install secure-delete
Isso tem quatro comandos:
srm - securely delete an existing file
smem - securely delete traces of a file from ram
sfill - wipe all the space marked as empty on your
hard drive sswap - wipe all the data from you swap space.
Agora limpe seu pendrive
sudo srm /path-to-mounting-point-of-your-pen-drive
OBSERVAÇÃO: isso excluirá tudo no seu pendrive.