Seus pensamentos estão bem. Atualmente, o sistema de arquivos "NTFS" da Microsoft pode ser facilmente lido / gravado em uma variedade de sistemas operacionais (Windows, Linux, Mac OS).
As distribuições recentes do Linux (Fedora, Ubuntu) já incluem os drivers ntfs-3g ( link ) para acessar essas partições.
Se não, você pode instalá-los pelo instalador do pacote do sistema (por exemplo, yum install ntfs-3g ...)
Sugiro usar o NTFS, funciona muito bem para mim.