De repente, consegui resolver o problema de maneira surpreendentemente fácil.
Eu comecei a procurar no registro por "System Center 2012", disposto a excluir todas as entradas à mão, pois nenhuma outra dica e até mesmo alguns Microsoft FixIts não ajudaram e me deparei com essa entrada:
"C:\Program Files\Microsoft Security Client\Setup.exe" /x
Apenas executei e voilà problema resolvido: -)