O que você está dizendo não está completamente claro: o que significa que você está executando o Ubuntu instalado dentro da janela ? Você está executando como dual boot? De wubi? Dentro de um VirtualBox? A resposta a esta pergunta pode levar a diferentes diagnósticos.
Ainda assim, supondo que o problema esteja totalmente dentro do Ubuntu, você pode tentar estes dois comandos:sudo udevadm trigger
sudo dpkg-reconfigure x11-common
O primeiro força o udev a reavaliar seu hardware. É provavelmente inútil, mas dada a falta de informação que poderíamos tentar, certamente não vai doer.
O segundo tenta restabelecer a configuração padrão do servidor X, esquecendo os valores que ele transportou da instalação anterior em sua máquina Acer.