Você pode desativar completamente a porta USB:
mv /System/Library/Extensions/IOUSBMassStorageClass.kext /some/where/for/safekeeping
e reinicie.
De acordo com 10.5, a Apple publicou guias de configuração de segurança para seu software de servidor. Este conselho específico é da página 82: link
(O manual diz para remover o .kext, mas, se você quiser acessar a porta USB novamente, é um bom arquivo para manter.)