O Windows Search cria um índice de pesquisa que contém todas as informações dos arquivos que estão em caminhos específicos. Esses caminhos incluem, por padrão, as pastas que contêm dados pessoais, como Documentos, Música, Imagens e assim por diante. Além disso, o Windows Search se concentra em arquivos de documentos, em vez de arquivos de aplicativos, porque esses são os documentos com maior probabilidade de serem pesquisados por um usuário padrão.
O motivo pelo qual você não consegue encontrar o MSbuild nos caminhos que escreveu, é que esses caminhos não são indexados. Fazer uma pesquisa lá requer mais tempo, pois o mecanismo de pesquisa deve rastrear o sistema de arquivos e não um arquivo de índice em cache. Por padrão, o preenchimento da Pesquisa do Windows mostra os resultados exibidos em caminhos indexados. Ele também deve avisar que a pesquisa em caminhos não indexados pode ser lenta.
Quando você pesquisa diretamente em C: \ Windows \, obtém os resultados esperados porque o C: \ Windows não possui nenhuma subpasta indexada, portanto, o Windows Search faz uma pesquisa padrão no sistema de arquivos.
Você pode configurar as opções do Windows Search na entrada Opções de indexação no Painel de controle para incluir caminhos personalizados. Note que quanto mais arquivos são indexados, maior o arquivo de índice e mais lenta será a busca (em um novo computador decente, isso não deve ser um problema)
No Windows 8, há uma guia com opções na interface da Faixa de Opções do Windows Explorer que pode ajudá-lo a obter os resultados esperados.
O site de ajuda do Windows contém informações sobre os recursos de pesquisa.