EDIT: It would be great if I can also limit the directory to be only accessible(readable) by a .exe file.
Criptografe seus arquivos e use seu arquivo .exe para descriptografar e exibir o conteúdo.
Ou use algum método semelhante para restringir o acesso, por exemplo, por meio de algum serviço que tenha acesso a arquivos e, em seguida, conecte seu aplicativo a esse serviço. Por exemplo, muitos serviços da Web funcionam exatamente assim: os usuários podem ver o conteúdo, mas copiar arquivos de origem não é muito fácil.
É claro que tudo que pode ser visto de alguma forma também pode ser copiado de alguma forma, tudo que você pode fazer é tornar mais difícil ou não vale a pena fazê-lo.