Na verdade, também encontrei exatamente o mesmo problema antes. Depois de tentar várias maneiras, minha conclusão final é que se você quiser instalar o CUDA usando o arquivo .run, NÃO instale o driver gráfico incluído da Nvidia (digite "não" quando vir o prompt) no arquivo .run, apenas instale o arquivo .run Biblioteca CUDA (ou talvez o código de exemplo).
Se você deseja instalar o driver, siga o procedimento padrão abaixo:
sudo su
add-apt-repository ppa:graphics-drivers
apt-get update
apt-get install libcuda1-390 nvidia-390-dev nvidia-390 nvidia-libopencl1-390 nvidia-opencl-icd-390
onde o * -390 deve ser substituído pela última versão do driver da Nvidia.
Eu suspeito que possa haver alguns scripts de pós-instalação para serem executados após a instalação do driver, a fim de fazê-lo funcionar na área de trabalho do X11. Esses scripts podem não estar presentes no arquivo .run incluído. Você pode querer verificar o log de falhas do X11 em /var/log/Xorg.0.log também.