Bem, isso depende. A menos que você transcodifique os arquivos (o que é uma opção para ambos), não deve haver nenhuma perda de qualidade. Os metadados podem ser editados sem alterar o arquivo original e são apenas um bloco de dados no final do arquivo .
Provavelmente, existem maneiras melhores, mas é uma questão de criar um fluxo de trabalho - gerenciei cerca de 90 gig de arquivos com senhas com mp3tag e picard além de um tocador de música, e todos são consistentes e marcados de forma idêntica.