Se o Windows não reconhecer o formato da partição, ele será avisado para reformatá-lo caso você tente navegar na unidade. Tem certeza absoluta de que nem você nem seu amigo passaram por isso?
Eu não acredito que o 360 teria feito qualquer coisa, novamente, a menos que você tenha pedido.
Se você executar o fdisk ou o gparted, como é a tabela de partição? Foi alterado para gordura ou ainda é ext3 etc. etc.?