O OS X está lendo a assinatura de código digital fornecida com o iTunes 10. Desde que você modificou o aplicativo, a assinatura digital não combina mais. O OS X continuará a emitir o aviso de que o aplicativo foi modificado, a menos que a assinatura seja alterada. Você sempre pode tentar atualizar a assinatura abrindo o Terminal e digitando:
cd /Applications
codesign -s iTunes.app/
Espero que isso avise o sistema que a assinatura mudou e faça o alerta do firewall desaparecer.