Ele faz isso porque o wget usa os arquivos html para saber onde procurar em seguida, conforme ele percorre a página da Web. Eu apenas deixaria o wget fazer o seu negócio e então fazer um rm * .html depois que estiver pronto, ou algo similar.
EDITAR: Fazer um rsync *dynamicfile* /foo/bar
para um segundo diretório pode ser uma maneira melhor de filtrar seus arquivos para manter apenas aqueles com o nome correto (supondo que você queira manter alguns dos html arquivos se tiverem o nome correto)