Isso pode estar relacionado ao cache de gravação. Acho que a configuração padrão pré-XP era para que os dispositivos flash tivessem o cache de gravação ativado, o que faz com que a operação de gravação pareça terminar rapidamente, mas na realidade é armazenada em cache rapidamente e a gravação real ocorre em segundo plano. Foi por isso que você poderia facilmente ter corrupção de arquivos se copiou uma grande quantidade de dados para a unidade flash e a removeu (sem interromper o dispositivo usando a caixa de diálogo de remoção segura) antes que a gravação em segundo plano fosse concluída.
Isso foi alterado no XP, o cache de gravação está desativado por padrão, para que o que você vê na interface do usuário corresponda ao que realmente está acontecendo, ou seja, quando a caixa de diálogo de cópia é concluída, o mesmo acontece com a gravação. Isso também significa menos chances de corrupção de arquivo (sistema), a menos que você desconecte a unidade enquanto uma operação de cópia ainda estiver em andamento.
Você pode verificar isso no gerenciador de dispositivos, expanda "Unidades de disco" e clique duas vezes no dispositivo que corresponde à sua unidade flash. Dê uma olhada na guia "Políticas" e tenho certeza que você verá que está definido como "Otimizar para remoção rápida".