Eu concordo em parte com o pavium. O Windows não irá sobrescrever a partição linux até que você diga para fazer isso. Mas isso removerá entradas para o menu de inicialização. Portanto, depois de instalar o Windows no Linux, você não poderá inicializar o Linux. A única maneira é reinstalar o GRUB.
O Windows XP SP2 também não possui drivers para unidades de disco SATA por padrão. Então, se você inicializar seu PC com o XP, ele pode não detectar sua unidade de disco. Esse é o problema?