Eu tenho exatamente o mesmo problema com a placa-mãe MSI Z170A Gaming Pro, o BIOS detecta apenas o SSD Intel 750 PCIe para uma inicialização depois de conectar o SSD, o SSD desaparecerá após as inicializações subsequentes.
A única solução que encontrei é desconectar todos os cartões dos slots PCIe e deixar apenas o SSD. Dessa forma, o SSD sempre será encontrado, não importa o que aconteça. Não é realmente uma solução, porque todos nós precisamos da nossa placa gráfica.
Os SSDs PCIe raramente são usados, então acho que muitas pessoas não se deparam com esse problema, e também estou supondo que seja um problema apenas com placas-mãe MSI. Estou planejando devolver a placa-mãe e mudar para um Asus.