Presumo que este problema também ocorra em diferentes navegadores, não apenas no Chrome? Faça um teste ... você pode baixar um novo navegador ou seja, o Firefox, instalar novamente e ver se os anúncios ainda aparecem imediatamente.
É muito provável e simplesmente um programa residente e pode ser eliminado de dentro do Gerenciador de Tarefas - Basta postar aqui uma lista de suas tarefas em execução e podemos dizer qual é o executor do mal. Infelizmente eu não tenho o Windows 8 (usando apenas o W7), então eu não posso estar totalmente familiarizado com todos os novos processos do sistema. Sugiro que você abra o Gerenciador de Tarefas, clique com o botão direito do mouse em Propriedades para cada processo em execução e identifique e feche cada aplicativo (via "Finalizar Processo") que não seja um arquivo executável localizado na pasta C: \ Windows. E então veja se os pop-ups ainda persistem. Além disso, execute a "Ferramenta de remoção mal-intencionada" atualizada mensalmente da Microsoft (digite "mrt.exe" na caixa de diálogo Executar - supondo que a ferramenta esteja atualizada para julho de 2013) para garantir que nenhum dos seus arquivos do sistema tenha sido adulterado. Sim, a coisa mais óbvia que um escritor de ferramentas de spam faria é copiar o arquivo para a pasta do sistema e renomear a si mesmo como um nome de arquivo benigno, mas só quer restringir o campo. Depois de fazer tudo isso e o problema persistir, entre nos Serviços (via "services.msc" na caixa de diálogo Executar) e desative os Serviços que não são específicos do sistema. Você deve ser capaz de identificar quais através de "msconfig" (através da caixa de diálogo Executar) e clicar na aba "Serviços" e selecionar "Mostrar apenas serviços que não sejam da Microsoft" - os que permanecem tente desativá-los (ou melhor: o serviço) e depois verificar o seu navegador.
Outra possibilidade é que eles substituíram sua stack de winsock por uma infectada que monitora suas entradas e saídas.
Se eles forem realmente criativos, poderão simplesmente injetar sua dll em um navegador em execução, como o Chrome, e fazer todos os tipos de coisas.
Mas na maioria dos casos você tem um processo maligno (ou serviço) que pode ser visto e morto através do Gerenciador de Tarefas.
As ferramentas Anti-Virus / Anti-Malware não são muito confiáveis, já que é muito fácil criar aplicativos para contorná-las. Experiência para saber o que está acontecendo e por que é a melhor defesa.