A maior parte das instalações do sistema operacional deve ficar boa após a conversão, desde que o software faça o que deveria; No entanto, os gerenciadores de inicialização são diferentes para os discos MBR e GPT. Eu não estou familiarizado com as ferramentas de conversão de tabelas de partição do AOMEI, mas assumindo que converte apenas a tabela de partição, as diferenças do carregador de inicialização significam que seu disco será renderizado após a conversão. Se o AOMEI fizer algo para inicializar carregadores, o disco pode acabar inicializando em um ou ambos os sistemas operacionais, mas essa é realmente a parte mais complicada da conversão, portanto, mesmo que a ferramenta alega lidar com isso, eu não ficaria surpreso se não fosse não funciona.
É possível fazer uma conversão de MBR para GPT e manter o seu sistema operacional inicializável, mas etapas extras provavelmente serão necessárias. Para Windows, veja esta página para detalhes. Para o Ubuntu, a abordagem mais fácil pode ser usar Boot Repair. Observe, no entanto, que o Windows inicializará a partir de um GPT disco somente se o seu computador tiver um firmware Interface de Firmware Extensível (EFI) (ou EFI Unificada, que é EFI 2.x) . A maioria dos computadores lançados desde meados de 2011 tem EFIs, portanto, se o seu computador tiver menos de cinco anos, você deve concordar com isso. Se o seu computador for mais antigo que isso, no entanto, é provável que você não consiga arrancar o Windows após tal conversão - pelo menos, não facilmente. Se o seu computador estiver no período de transição, pesquise suas capacidades com cuidado.
Mesmo que o seu computador tenha uma EFI, você deve considerar a sabedoria do velho ditado: "se não estiver quebrado, não conserte". A conversão de MBR para GPT (e, portanto, do modo BIOS para o modo de inicialização EFI) é arriscada; cerca de um milhão de coisas diferentes podem dar errado em tal conversão, resultando em um esforço extra de alguns minutos para a perda total e catastrófica de todos os dados no seu computador. A pior dessas conseqüências é improvável, mas se você não precisar fazer essa conversão, por que arriscar? Sua pergunta não fornece motivação para fazer a mudança, então essa pergunta não é realmente retórica - você pode ter uma motivação válida que você não descreveu. Se você está fazendo isso por um capricho ou porque você já ouviu falar que o GPT é "melhor" do que o MBR, aconselho strongmente contra tal conversão. (O GPT tem vantagens sobre o MBR, mas essas vantagens não valem o risco de ter essa conversão na maioria dos casos.)