Acredito que a razão clássica pela qual você não gostaria de fazer isso é se você deseja distribuir atualizações através de um arquivo .zip - nesse caso, o arquivo .zip seria descompactado "diretamente sobre" a pasta em questão e, portanto, você pode não querer uma única pasta de nível superior.
As práticas recomendadas indicam que você deve SEMPRE descompactar em uma pasta temporária ou pelo menos listar o arquivo antes de descompactá-lo cegamente.