A linha de comando FTP é bem primitiva.
Você não pode enviar arquivos / pastas recursivamente para um site remoto.
Se você quiser recriar uma estrutura de diretórios no lado remoto da mesma maneira que o local, você precisará manualmente mkdir
de cada caminho e usar mput *
para enviar tudo nesse diretório para o lado remoto.
Duas opções para tornar isso mais fácil:
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Pare de usar o comando FTP primitivo (o ncftp é uma boa alternativa)
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Use tar para distribuir as pastas, enviar o arquivo e extrair do outro lado.