Aqui está um artigo onde testes extensivos em drives usb comparam o desempenho de FAT32, NTFS e exFAT.
Conclusão do teste:
"For Copying to the USB drive FAT32 took the least amount of time, with NTFS coming in second and ExFat taking on average the longest time to Copy to the drive.
Copying From and Reading From the drives were very similar in their results though, most of the time the File Systems were close, with at points NTFS taking a bit longer while FAT32 and ExFAT were nearly identical."
No que diz respeito à segurança do sistema de arquivos, se você reformatar para NTFS ou exFAT, obterá Permissões do sistema de arquivos no seu computador. Pendrive. Eu nunca precisei de uma unidade USB, porque sou a única pessoa a usar a unidade e não quero limitar o acesso aos meus dados.