Você interpretou mal o modo de foco da janela desleixada. É como o modo Mouse (Foco Segue o cursor do mouse), para que você não precise de cliques do mouse para alterar a janela ativa.
Se você quiser que a sua janela atual mantenha o foco de entrada mesmo que você mova o cursor do mouse EM QUALQUER LUGAR, incluindo sobre outras janelas, então você deseja configurá-lo para "Clicar" no modo de foco do Windows. Isso significa que você terá que clicar em cada janela para ativá-la (ao usar o mouse para alternar as janelas ativas). Observe que isso seria o mesmo comportamento do Microsoft Windows.