Como você observou, o AFP suporta cópias do lado do servidor. A última versão não lançada do gvfs contém uma série de melhorias no gvfsd-afp para torná-lo mais confiável e mais rápido. Nos meus testes, é capaz de obter cerca de 70MB / s para uma grande transferência em 1GBE e é capaz de duplicar um diretório de 10000 arquivos em 11 segundos, o que não é tão ruim. Se as cópias do lado do servidor são importantes e você não quer estar logado em um terminal, é isso que eu recomendo usar.
Também planejamos adicionar suporte a cópia do lado do servidor para gvfsd-smb em breve, mas quem sabe quando "em breve" pode ser ...
(Isenção de responsabilidade, ajudo a manter o gvfs.)