InterMapper (comercial) é o que eu uso - é muito flexível e a empresa por trás dele é bastante receptiva às solicitações de melhoria e a cada lançamento do software trouxe um monte de novos recursos (úteis). Existe um contrato de licença anual, mas não considero o preço proibitivo, mesmo (especialmente) para clientes pequenos.
O InterMapper também tem um backend de banco de dados que permite fazer tendências / relatórios (semelhante ao que você pode fazer com o Cacti, etc.), embora isso ainda não esteja muito bem polido.
Eu serei o contrarian e diria que não ligo muito para o Nagios: em parte porque eu não sou fã do mdoel "execução do plugin remoto", mas principalmente devido a experiências ruins com setups que tinham um péssimo sinal relação de ruído e o que considero ser um processo de configuração menos que refinado.
Edite para responder ao Questionador Editar: Com o InterMapper você quase certamente terá que executar daemons SNMP nas coisas que você deseja monitorar, e você provavelmente terá que personalizar alguns dos limites por servidor, a menos que seu ambiente seja realmente apertado, mas tudo é feito a partir do GUI & Muito fácil.
Coisas como monitoração de hardware (falhas de drive, etc.) geralmente requerem uma sonda personalizada, mas existem várias delas já escritas (e se a sonda que você precisa não existe, a implementação é bem fácil) .