O suporte à configuração automática de proxy no Windows parece ser "perfeito" porque é implementado pelo cliente WinHTTP, que é armazenado em uma DLL acessível a todos os aplicativos com uma API pública. Muitos aplicativos usam o WinHTTP e obtêm a autoconfiguração de proxy "de graça".
No mundo Linux, cada aplicativo geralmente faz suas próprias chamadas de soquete e usa sua própria implementação do protocolo HTTP. Existem bibliotecas HTTP por aí, mas é muito mais provável, em comparação com o Windows, que os aplicativos lidem com HTTP por conta própria e provavelmente não terão um interpretador Javascript necessário para processar um arquivo de configuração automática de proxy.
Você pode considerar a execução de um servidor proxy local na máquina Linux, especificando-se como HTTP_PROXY em todo o sistema e configurando esse servidor proxy local com as regras necessárias para acessar alguns sites diretamente versus usar o proxy corporativo como pai.
O Squid pode fazer o que você quiser, mas é bastante pesado. Acabei de encontrar este interessante projeto tinyproxy , e certamente parece promissor (permite o uso seletivo de um proxy upstream por domínio, muito leve , etc), mas eu nunca usei pessoalmente e não sei nada sobre isso. (Em teoria, pode-se modificar o tinyproxy para realmente analisar o arquivo de configuração automática do proxy. Isso seria um truque realmente interessante, embora não seja algo em que eu tenha tempo de trabalhar ...)