Essa é uma pergunta antiga, com informações limitadas, mas acho que o que está acontecendo não é um problema de rsync (já que o rsync não vai se auto-significar).
Eu me deparei com um problema semelhante que acabou por ser um problema de memória. O gerenciamento de memória insuficiente no kernel determina qual processo matar, observando a quantidade de memória virtual usada dividida pelo tempo total de execução.
O rsync pode consumir muita memória, dependendo do tamanho e do número de arquivos que estão sendo transferidos, e terá um valor baixo de tempo de execução. Isso aumenta sua pontuação quando o kernel chama select_bad_process ().
Verifique o uso de memória com um script simples depois de iniciar o rsync que registra o uso da memória rsync:
while [ 1 ]; do
pidstat -r -G rsync >> stat.log
free >> stat.log
done
Verifique também o dmesg no momento em que o rsync morre, se houver erros no OOM, você os verá.