Eu acredito que há um bug conhecido no wubi e no windows vista.
Aqui está um link para o fórum que pode ajudar
Após a reinicialização, nenhuma partição do Windows é encontrada e a instalação não pode ser iniciada. Como podemos resolver isso, a fim de experimentar o Ubuntu?
Ele diz que eu só tenho espaço livre disponível, mas isso não é verdade. Eu estou na demonstração agora.
Se eu tentar instalar a partir da demonstração, recebo:
"The following partitions cannot be unmounted /isodevice"
Você parece ter danificado ou alterado sua tabela de partições, o wubi não o manipula, então parece estranho que seja a causa disso. Você poderia usar uma ferramenta como o PhotoRec para recuperar arquivos dos quais não fez backup.
Outra ferramenta chamada TestDisk pode até mesmo ser capaz de recuperar sua partição, mas se você instalou preenchido em sua posição, é provável que ela seja danificada além de um significativo reparação.
Por fim, se você tiver uma instalação do wubi (e ela estiver funcionando), você poderá acessar sua partição do Windows a partir da pasta / host /.