Parece que você realmente precisa de um sistema de gerenciamento de configuração como o fantoche. Com uma configuração adequada, deve-se verificar se tudo está como deveria ser configurado em todas as execuções de fantoches.
Reinstalar periodicamente os sistemas apenas para levá-los a um estado conhecido não deve ser realmente necessário, e com certeza parece que vai criar muito trabalho, que você nunca precisará fazer. Quando você tem muitos sistemas Linux, é muito melhor ter uma instalação automatizada realmente básica, e então ter um sistema para puxar todas as configurações apropriadas para um determinado nó depois de definir um nome / id exclusivo do sistema.