A para-virtualização não vai a lugar algum. A direção futura de todas as plataformas de hipervisor é combinar os benefícios da virtualização de hardware (para subsistemas de CPU e IO) com a para-virtualização, onde isso é possível. A VMware agora tem amplo suporte para drivers para-virtualizados para a maioria dos convidados, o Hyper-V sempre usou paravirtualização extensivamente como o Xen.
Dado que você está fazendo isso no ESX 3.5, sugiro que você teste a configuração no ESX (i) 4.1 e veja se o problema foi resolvido lá.
Paravirtualização envolve algumas compensações - uma chave é que existem componentes (no nível do driver \ kernel) reescritos para permitir que o Hypervisor gerencie mais diretamente algum aspecto do comportamento do Guest, mas isso também corre o risco de introduzir erros, e parece que você pode ter encontrado um.