Trabalhei em várias startups e construí uma sobreposição de portage para o Gentoo, o yum repo para o CentOS e, mais recentemente, o apt repo para o Ubuntu. Eu também fiquei surpreso com a quantidade de dor na bunda que foi para construir o repositório apt e não havia quase nada na web sobre como fazê-lo corretamente.
No entanto, para promover o código do website, fazemos alguma forma de rsync e movemos o symlink. É mais rápido e fácil de reverter na maioria dos casos.