Você pode ter apenas a versão cli do PHP instalada atualmente tentar
sudo apt-get install php5
e reinicie o apache
sudo apache2ctl restart
.
Você também pode verificar se o módulo PHP está carregado no apache fazendo
sudo apache2ctl -M
Qual se o módulo é carregado, então deve mostrar algo como
Loaded Modules:
...
php5_module (shared)
...
Syntax OK