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A configuração do Httpd nem sempre é feita pelas mesmas pessoas que escrevem o código / pacote dos dados do site. Colocar index.html vazio é uma maneira de garantir que o índice não seja exibido, mesmo que a configuração esteja incorreta.
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Além disso, evita exibir uma mensagem de erro "proibida" caso um usuário alcance a página de índice, seja editando manualmente a URL ou um link corrompido. Isso pode ser evitado, mas requer algumas configurações, e isso é um problema porque ... veja o ponto 1.