Você tem uma bagunça, basicamente. Se o sistema de arquivos for montado como somente leitura, você deverá procurar copiar todos os dados da partição que deseja salvar e começar de novo. Não existe um comando "mágico" que você possa executar para limpar um sistema de arquivos inconsistente. O fsck tentou ajudar, mas se as coisas estão tão ruins que o fsck não pode juntá-las novamente, se você examinar os metadados do sistema de arquivos manualmente e tentar montá-los novamente, eu acho que sua melhor esperança é conseguir o que dados que você pode sair e cortar suas perdas.
Eu recomendaria conectar uma segunda unidade de disco rígido com espaço suficiente para manter uma imagem do disco original e criar uma imagem do disco original com dd. Em seguida, você pode reinstalar, montar a imagem tirada do disco original somente leitura e começar a copiar os dados dela.
Backups são seus amigos. Veja isso como uma lição valiosa.