Como mencionado por uSlacker, isso pode não afetar negativamente a operação de clientes Windows e certas funções, como a comunicação ldap. Isso se deve à forma como o processo interno do localizador de CC do Windows funciona, o que, entre outras coisas, prioriza controladores de domínio selecionados por site.
Uma pesquisa de DNS direto no prompt de comando é apenas isso - uma pesquisa de DNS. Se um controlador de domínio registrou um registro na zona de domínio, ele pode ser retornado como uma resposta a uma consulta DNS. Você pode querer inspecionar sua zona DNS e confirmar quais controladores de domínio registraram um registro A.
Se uma captura de pacote revela que computadores de ramificação estão usando um controlador de domínio em outro site, talvez seja comum configurar controladores de domínio em sites spoke (filiais) para usar mnemônicos DNS, que instrui um controlador de domínio que Registros DNS para evitar o registro. Em diretórios grandes, é bastante comum que os controladores de domínio spoke não registrem um registro A em sua zona DNS. Se o local da filial também não tiver um site associado à sua sub-rede, isso poderá explicar uma afinidade para os controladores de domínio do site principal.
Mais informações:
Como otimizar a localização de um controlador de domínio que reside fora do site de um cliente link