Para um único computador o apt-get é uma ferramenta simples; configure-o para buscar apenas as atualizações de segurança e você receberá uma notificação sempre que uma nova versão estiver disponível devido à segurança.
Redhat tem o RHN, e a Canonical oferece o Landscape. Ambos são ferramentas para gerenciar servidores em conjunto. Você também pode configurar nagios para verificar o apt ou yum para atualizações disponíveis.
Algo similar ao que você usa agora seria encontrar sua lista de distribuição para segurança ou uploads e implementar um filtro de e-mail. Ao tornar o filtro explícito, você é forçado a fazer um inventário do que precisa e não precisa se preocupar com o fluff extra. O procmail é a ferramenta padrão para UNIX, mas tenho certeza de que qualquer ferramenta que você possa usar suporta filtros inteligentes.