mysqloptimize -A
mysqlrepair -A
Eu corro estes regularmente, a opção -A seleciona todos os bancos de dados
editar:
para executá-lo regularmente, você precisaria de um cronjob assim:
35 0 * * 1 mysqlrepair -A > /dev/null; mysqloptimize -A > /dev/null
Este cron job funcionará às 00:35 de todas as segundas-feiras de manhã. Se você precisar autenticar, você usaria
mysqlrepair -uUSERNAME -pPASSWORD -A
mysqloptimize -uUSERNAME -pPASSWORD -A