Quando você faz um ataque DDoS (ou DoS), a idéia básica é derrubar o recurso sobrecarregando-o com solicitações. Qual efeito o ataque terá depende do (s) servidor (es) e da configuração.
Em alguns casos, você poderá derrubar todo o site, atacando os servidores da web ou algum outro recurso crítico (como o servidor de banco de dados). Mas algumas funções podem ser hospedadas em um servidor separado (como uma função de busca), ou até mesmo hospedadas por uma empresa separada (como google, facebook, ...). Se esse recurso externo for atacado, apenas essa função ficará inativa enquanto o restante do site estiver funcionando normalmente.