Eu não encontrei uma maneira de definir noop na definição do nó, de modo que eu veria as alterações no cliente (como o agente cliente foi executado com --noop), mas a maneira mais rápida de desativar um nó era :
Adicionando um sublinhado na frente do nome do nó, como _example1.node.com
que make impedirá que o nó seja correspondido por é fqdn, então a configuração padrão será aplicada se existir um (ver comentário de @GargantuChet)
node "_example1.node.com"
{
file
{
"/root/test1":
content => "test",
ensure => present,
}
}