Você pode criar um script de wrapper e adicioná-lo ao seu caminho. Algo parecido com isto
#!/bin/bash
java -Dcom.sun.management.jmxremote.port=25800 "$@"
Chame-o de java-local.sh ou algum outro nome sofisticado e apenas use-o no lugar do binário java
. Claro que este é bastante básico, mas tenho a certeza que serve para cerca de 90% dos casos. Como um exercício de shell, você pode torná-lo um alias para seu usuário (mas só funciona para o usuário):
# alias java='java -Dcom.sun.management.jmxremote.port=25800'