chkconfig essencialmente faz um link simbólico de, digamos, /etc/rc3.d/S85myapp para /etc/init.d/myapp. Verifique se esses links existem. Eu presumo que eles façam, já que o "chkconfig --list" está mostrando que eles estão "ligados".
Como você pode executar o /etc/init.d/myapp a partir do prompt, mas isso não ocorre durante a inicialização, meu palpite é que há um problema com o PATH, ou que um serviço que você precisa executar antes de executar myapp está realmente inicializando após myapp. Lembre-se que os scripts em /etc/rc3.d (ou seja qual for o seu nível de execução inicial) são executados em ordem de classificação. Verifique se myapp tem tudo que precisa para ser executado.
(Eu acho que há um problema PATH, no entanto)