Você pode usar este VBScript para criar um atalho:
Set oWS = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
sLinkFile = "C:\MyShortcut.LNK"
Set oLink = oWS.CreateShortcut(sLinkFile)
oLink.TargetPath = "C:\Program Files\MyApp\MyProgram.EXE"
oLink.Save