É para proteger o usuário de cometer um erro.
Se o arquivo for importante e não deva ser modificado, você fornecerá somente leitura. Então, se o usuário precisar alterá-lo, terá que fazer uma escolha consciente para ir e chmod 777 o arquivo e, em seguida, executar a ação.
Além disso, não permitir que as coisas sejam executáveis ajuda. Se você estiver escrevendo um script e tiver várias versões mais antigas em um subdiretório. Desativar a capacidade de ser executável impedirá que você execute o script errado.
Mas o proprietário sempre pode voltar e alterar as permissões de arquivo para o que precisam quando precisam.